Der Arztsekretär arbeitet in Krankenhäusern (Abteilungs-, Arzt- und Chefarztsekretariate, Verwaltungen, Personaladministration), privaten Arztpraxen, Gemeinschaftspraxen, Instituten, Kliniken, Heimen, Ämtern des öffentlichen Gesundheitswesens oder Krankenversicherungen.
Der Arztsekretär erledigt weitgehend selbständig die administrativen Aufgaben und erstellt Berichte und Gutachten ab Diktiergerät. Er kennt sich aus in Fragen der Krankenkassen und Krankenversicherungen und ist mit den entsprechenden Tarifen und Formularen vertraut. Er ist zuständig für den Empfang der Patientinnen und Patienten sowie für die Bedienung des Telefons. In Zusammenarbeit mit dem Arzt klärt er die Dringlichkeit von Patiententerminen ab. Grundlegendes Wissen und Verständnis der medizinischen Fachausdrücke sowie Kenntnisse der Gesundheits- und Spitalorganisation zeichnet ihn aus.
Der Arztsekretär wendet die für die entsprechende Branche üblichen Informatiksysteme an und arbeitet überwiegend am Computer.